天井の低い下部教会とは対照的に、Basilica di San Francescoの上部教会は高い天井までの美しいステンドグラスから外の光が入り広々とした華やかな美しいものです。この上部教会内で1296年から1300年の間にGiottoらにより描かれた美しいSan Francescoの生涯を描いたフレスコ画を見ることができます。この上部教会と下部教会は入り口を別としていますが、中庭を介してもこの2つの教会間を歩くことができるようになっています。またこの中庭の近くにBasilica di San Francescoの記念品を売るお店もあります。
